In de proloog zegt Machiavelli dat iedereen hem als dood beschouwt, maar zijn ziel vloog over de Alpen en hij arriveerde met vrienden in Groot-Brittannië. Hij beschouwt religie als speelgoed en beweert dat er geen zonde is, maar dat er alleen domheid is, dat macht alleen wordt bevestigd door geweld, en de wet is, net als de draak, alleen sterk met bloed. Machiavelli speelde de tragedie van een Jood die rijk werd door te leven volgens zijn principes, en vraagt het publiek om zijn verdiensten te evalueren en niet te hard te oordelen.
Barabbas, een Maltese Jood, zit in zijn kantoor voor een stapel goud en wacht op de aankomst van schepen die goederen vervoeren. Hij denkt hardop dat iedereen hem haat voor zijn geluk, maar eert zijn rijkdom: "Dus laat het beter zijn / Iedereen haat een rijke Jood, / Wat een ellendige arme Jood!" Hij ziet in christenen alleen boosaardigheid, leugens en trots die niet passen bij hun leringen, en die christenen met een geweten leven in armoede. Hij is verheugd dat joden meer rijkdom hebben ingenomen dan christenen. Nu hij heeft vernomen dat de Turkse vloot de kust van Malta heeft bereikt, maakt Barabbas zich geen zorgen: noch vrede noch oorlog raakt hem, alleen zijn eigen leven, het leven van zijn dochter en verworven goed zijn belangrijk voor hem. Malta brengt al lang hulde aan de Turken en Barabbas suggereert dat de Turken het zo veel hebben verhoogd dat de Maltezen niets te betalen hebben, dus de Turken gaan de stad overnemen. Maar Barabbas nam voorzorgsmaatregelen en verborg zijn schatten, zodat hij de komst van de Turken niet vreest.
De zoon van de Turkse sultan Kalimat en de Pasha eisen tien jaar lang eerbetoon. De gouverneur van Malta, Farnese, weet niet waar hij zoveel geld kan krijgen en overlegt met naaste medewerkers. Ze vragen uitstel van betaling om geld in te zamelen van alle inwoners van Malta. Kalimat geeft ze een maand vertraging. Farnese besluit hulde te brengen aan de joden: iedereen moet de helft van zijn eigendom geven; wie weigert, zal onmiddellijk worden gedoopt, en wie weigert de helft van zijn bezit te geven en zich te laten dopen, zal al zijn goed verliezen.
Drie joden zeggen bereidwillig de helft van hun bezittingen op te geven, Barabbas is verontwaardigd over hun nederigheid. Hij is bereid om de helft van zijn rijkdom te geven, maar alleen als het decreet van toepassing is op alle inwoners van Malta en niet alleen op joden. Als straf voor de koppigheid van Barabbas, beveelt Farnese al zijn goed te nemen. Barabbas noemt christenen rovers en zegt dat hij gedwongen is te stelen om de buit terug te geven. De ridders stellen voor dat de gouverneur het huis van Barabbas aan het klooster geeft, en Farnese gaat akkoord. Barabbas beschuldigt hen van wreedheid en zegt dat ze hem zijn leven willen ontnemen. Farnese: "Oh nee, Barabbas, met bloed besmeurde handen / We willen niet. Geloof verbiedt ons. ' Barabbas vervloekt de verachtelijke christenen die hem zo onmenselijk hebben behandeld. Andere joden herinneren hem aan Job, maar de rijkdom die Job heeft verloren, kan niet worden vergeleken met wat Barabbas verloor. Alleen gelaten, lacht Barabbas om goedgelovige dwazen: hij is een voorzichtig man en verborg op betrouwbare wijze zijn schatten. Barabbas stelt zijn dochter Abigail gerust, beledigd door het onrecht van de christelijke autoriteiten. Hij bewaart zijn rijkdommen op een schuilplaats, en aangezien het huis als klooster was ingenomen en hij en Abigail daar niet meer naar toe mochten gaan, zei hij tegen zijn dochter dat hij om een klooster moest vragen en 's nachts de vloer moest verplaatsen om goud en edelstenen te halen. Abigail doet alsof ze ruzie heeft met haar vader en wil als non een knipbeurt krijgen. De monniken Giacomo en Bernardine vragen de abdis om Abigail naar het klooster te brengen en de abdis brengt haar naar het huis. Barabbas doet alsof ze een dochter vervloekt die zich tot het christendom heeft bekeerd. De edelman Matthias, verliefd op Abigail, treurt als hij hoort dat Abigail naar het klooster is gegaan. De zoon van Farnese Lodoviko, die over de schoonheid van Abigail heeft gehoord, wil haar zien. De nacht komt eraan. Barabbas slaapt niet, wachtend op nieuws van Abigail. Eindelijk verschijnt ze. Ze slaagde erin een cache te vinden en gooit de zakken met schatten naar beneden. Barabbas neemt ze mee.
De Spaanse vice-admiraal Martin del Bosco arriveert in Malta. Hij heeft de gevangen Turken, Grieken en Moren meegebracht en gaat ze op Malta verkopen. Farnese is het daar niet mee eens: de Maltezers zijn verbonden met de Turken. Maar Spanje heeft rechten op Malta en kan de Maltezer helpen de Turkse overheersing kwijt te raken. Farnese is bereid om tegen de Turken in opstand te komen als de Spanjaarden hem steunen, en besluit de Turken geen eer te bewijzen. Hij staat Martin del Bosco toe slaven te verkopen.
Lodoviko ontmoet Barabbas en praat met hem over de diamant, verwijzend naar Abigail. Barabbas belooft hardop hem de diamant te geven, maar hij wil zelf wraak nemen op de gouverneur en Lodoviko vernietigen. Matias vraagt Barabbas wat hij met Lodoviko heeft gesproken. Barabbas stelt Matthias gerust: over diamant, niet over Abigail. Barabbas koopt een slaaf - Itamora - en vraagt hem naar zijn vorige leven. Itamor vertelt hoeveel slechte daden hij heeft begaan. Barabbas verheugt zich wanneer hij een gelijkgestemde persoon in hem vindt: "... we zijn allebei schurken / Besneden en we vervloeken christenen." Barabbas brengt Lodoviko naar hem toe en vraagt Abigail vriendelijker met hem te zijn. Abigail houdt van Matthias, maar Barabbas legt haar uit dat hij haar niet zal binden en met geweld met Lodoviko zal trouwen, alleen voor zijn plannen is het noodzakelijk dat ze aanhankelijk met hem is. Hij vertelt Matthias dat Farnese van plan was Lodovico te trouwen met Avigey. Jongens die vroeger vrienden waren, maakten ruzie. Abigail wil ze met elkaar verzoenen, maar Barabbas stuurt het duel twee valse uitdagingen: de ene naar Lodoviko namens Matias, de andere naar Matthias namens Lodoviko. Tijdens het gevecht doden de jonge mannen elkaar. De moeder van Matthias en de vader van Lodovico, gouverneur Farnese, zweren wraak op degene die ruzie maakte. Itamor vertelt Abigail over de kneepjes van haar vader. Abigail, die had geleerd hoe wreed de vader was tegen haar geliefde, bekeerde zich tot het christendom - deze keer oprecht - en ging opnieuw naar het klooster. Als Barabbas hiervan op de hoogte is, is hij bang dat zijn dochter hem zal weggeven en besluit hij haar te vergiftigen. Hij doet gif in een pot rijststoofpot en stuurt het als geschenk naar de nonnen. Niemand kan worden vertrouwd, zelfs niet zijn eigen dochter, alleen Itamor is hem trouw, dus belooft Barabbas hem zijn erfgenaam te maken. Itamor brengt de pot naar het klooster en zet hem bij de geheime deur.
Een maand vertraging is verstreken en de Turkse ambassadeur komt op Malta aan voor een eerbetoon. Farnese weigert te betalen en de ambassadeur dreigt dat de Turkse kanonnen Malta in een woestijn zullen veranderen. Farnese roept de Maltezer op om hun wapens te laden en zich voor te bereiden op de strijd. De monniken Giacomo en Bernardin vertellen over het feit dat de nonnen een onbekende ziekte hadden en dat ze stierven. Voor zijn dood bekent Abigail aan Bernardin over de machinaties van Barabbas, maar vraagt hem het geheim te bewaren. Zodra ze haar geest opgeeft, haast de monnik zich om Barabbas van schurkenstreek te beschuldigen. Barabbas doet alsof hij zich bekeert, zegt dat hij gedoopt wil worden en belooft al zijn rijkdom aan het klooster te geven. Bernardine en Giacomo maken ruzie over wiens monastieke orde beter is, en iedereen wil Barabbas aan zijn zijde trekken. Als gevolg hiervan maken de monniken ruzie, beledigen ze elkaar en vechten ze. Uiteindelijk vertrekt Bernardin met Itamor en blijft Barabbas bij Giacomo. 'S Nachts wurgen Barabbas en Itamor Bernardin, waarna ze zijn lichaam tegen de muur leunen. Als Giacomo arriveert, slaat hij hem, denkend dat Bernardin tegen de muur staat om hem niet het huis binnen te laten, met een stok. Het lijk valt en Giacomo ziet dat Bernardine dood is. Itamor en Barabbas beschuldigen Giacomo ervan Bernardin te hebben vermoord. Ze zeggen dat ze zich niet mogen laten dopen, omdat christelijke monniken elkaar doden.
Courtisane Bellamira wil de rijkdom van Barabbas in bezit nemen. Om dit te doen besluit ze Itamor te verleiden en schrijft hem een liefdesbrief. Itamor wordt verliefd op Bellamira en is klaar voor alles voor haar. Hij schrijft een brief aan Barabbas, eist van hem driehonderd kronen en dreigt dat hij anders alle misdaden bekent. Bellamira's dienaar gaat voor geld, maar brengt slechts tien kronen mee. Itamor schrijft woedend een nieuwe boodschap aan Barabbas, waar hij vijfhonderd kronen voor nodig heeft. Barabbas is verontwaardigd over het gebrek aan respect van Itamore en besluit verraad te wreken. Barabbas geeft geld, maar hij verandert zijn kleren zodat ze hem niet zullen herkennen, en hij volgt de dienaar van Bellamira. Itamor drinkt met Bellamira en haar bediende. Hij vertelt hoe hij en Barabbas het gevecht tussen Matthias en Lodoviko hebben geregeld. Ze worden benaderd door een Franse luitspeler Varavva met een hoed met een brede rand. Bellamira houdt van de geur van bloemen op de hoed van Barabbas, en hij haalt het boeket uit de hoed en presenteert het aan haar. Maar de bloemen zijn vergiftigd - nu staan Bellamira en haar dienaar en Itamora voor de dood.
Farnese en de ridders bereiden zich voor om de stad tegen de Turken te verdedigen. Bellamira komt naar hen toe en vertelt dat Barabbas verantwoordelijk is voor de dood van Matias en Lodoviko en dat hij zijn dochter en nonnen heeft vergiftigd. The Guard leidt Barabbas en Itamora. Itamor getuigt tegen Barabbas. Ze worden naar de gevangenis gebracht. Dan komt de chef van de wacht terug en kondigt de dood aan van de courtisane en haar bediende, evenals van Barabbas en Itamor. De bewaker draagt Barabbas als dood en gooit hem buiten de stadsmuur. Als iedereen weggaat, wordt hij wakker: hij stierf niet, hij dronk gewoon een magisch drankje - een infusie van maanzaad met mandrake - en viel in slaap. Kadimat met het leger bij de muren van Malta. Barabbas wijst de Turken de ingang van de stad aan en staat klaar om de Turkse sultan te dienen. Kalimat belooft hem tot gouverneur van Malta te benoemen. Kalimat vangt Farnese en de ridders en stelt ze ter beschikking van de nieuwe gouverneur - Barabbas, die ze allemaal naar de gevangenis stuurt. Hij roept naar Farnese en vraagt welke beloning hem te wachten staat als hij, door de Turken te verrassen, Malta naar vrijheid terugbrengt en de christenen genadig is. Farnese belooft Varavva een genereuze beloning en de functie van gouverneur. Barabbas bevrijdt Farnese en hij gaat geld ophalen om ze 's avonds naar Barabbas te brengen. Barabbas gaat Kalimat uitnodigen voor een feest en hem daar vermoorden. Farnese is het eens met de ridders en Martin del Bosco dat ze, na het schot gehoord te hebben, hem te hulp zullen schieten - alleen op deze manier zullen ze allemaal uit de slavernij kunnen ontsnappen. Wanneer Farnese hem de verzamelde honderdduizend brengt, zegt Barabbas dat er in het klooster, waar de Turkse troepen zullen komen, verborgen kanonnen en vaten buskruit zijn die zullen exploderen, waardoor een hagel van stenen op de hoofden van de Turken neerkomt. Wat Kalimat met zijn gevolg betreft, wanneer ze opstijgen naar de galerij, zal Farnese het touw doorsnijden en de galerijvloer zal instorten, en iedereen die er op dit moment zal zijn, zal in de kelders vallen. Wanneer Kalimat naar het feest komt, nodigt Barabbas hem uit naar de galerij, maar voordat Kalimat daar opstijgt, wordt er geschoten en Farnese snijdt het touw door - Barabbas valt in de ketel, die zich in de ondergrondse bevindt. Farnese laat Kalimat zien wat een val hij heeft opgezet. Voor zijn dood geeft Barabbas toe dat hij iedereen wilde doden; zowel christenen als heidenen. Barabbas heeft voor niemand spijt en hij komt om in een kookpot. Farnese vangt Kalimat. Door Barabbas werd het klooster opgeblazen en werden alle Turkse soldaten gedood. Farnese houdt Kalimat in zijn huis totdat zijn vader alle schade aan Malta heeft vergoed. Vanaf nu is Malta gratis en zal het zich aan niemand onderwerpen.