De familie Darling heeft drie weerkinderen. De oudste is Wendy, dan komt John en dan Michael. Ze hebben een ongewone oppas - een grote zwarte duikerhond genaamd Nena. Op een avond, terwijl ze de slaapkamer binnengaat met de kinderen die al in bed liggen, ziet mevrouw Darling een jongen het raam binnenvliegen en na hem - een vreemde lichtgevende plek. Ze gilt van verbazing, Nan rent om te gillen. De jongen slaagt erin uit het raam te fladderen, maar in Nena's tanden blijft zijn schaduw over! Mevrouw Darling rolt het op en legt het in een ladekast.
Een paar dagen later gaan mevrouw en meneer Darling op bezoek. Haastig botst meneer Darling op Nena en op zijn broek - dat is het probleem! - er is wol. Mr. Darling schopt Nana de tuin in en zet haar aan een ketting. Zodra ouders het huis verlaten, vliegt er een klein licht naar de kinderen - dit is de Tinker Bell-fee, ze is op zoek naar een schaduw. Peter Pan verschijnt achter haar aan. Bij het teken van Tinker Bell (een fee kan niet praten, ze maakt een melodieus gerinkel) vindt Peter een schaduw en probeert deze terug te bevestigen, maar er komt niets uit. Peter begint te huilen en zijn snikken maken Wendy wakker. Wendy hoort wat er aan de hand is en naait een schaduw op de hielen van Peter. Het doet een beetje pijn, maar hij lijdt. Met vertrouwen in Wendy vertelt Peter haar over zichzelf: hij rende weg van huis en besloot nooit volwassen te worden.Hij woont op het Netinebud-eiland met de verdwaalde jongens ("als een kind uit een kinderwagen valt, gaat hij naar het Netinebud-land"). Tegelijkertijd gebeurt er iets met feeën: het blijkt dat feeën worden geboren uit het gelach van kinderen en elk kind heeft zijn eigen fee. Maar zodra iemand denkt "dom, er zijn geen feeën in de wereld" - en de fee sterft.
Toen Peter hoorde dat Wendy weet hoe ze verhalen moet vertellen, roept ze Wendy naar het eiland ('Ik zal je leren vliegen en we zullen samen vliegen'), zodat ze sprookjes vertelt en de moeder is van alle verloren jongens. Wendy aarzelt, maar is het er nog steeds mee eens. John en Michael vliegen met haar mee.
De inwoners van het eiland maken zich op om Peter te ontmoeten. De jongens zoeken een plek waar Peter zal landen. Piraten, onder leiding van kapitein Jez Hook, zoeken jongens, roodhuiden (hun leider is de Great Little Panther) zoeken piraten en wilde dieren zoeken roodhuiden om ze op te eten.
Vooruitlopend op de komst van Wendy verschijnt de fee Tinker Bell. Zij (uit jaloezie!) Beveelt de jongens namens Peter Wendy neer te schieten met een boog. Ze hebben geen reden om te twijfelen en een van hen schiet. Wendy valt op de grond en ligt dood. Maar ze stierf niet, ze werd gered door een eikel die om haar nek hing, een geschenk van Peter Pan en een pijl doorboorde hem. Maar Wendy is erg zwak, en alle jongens, geleid door de naderende Peter, bouwen een huis voor haar en bouwen het om haar heen. Het huis is redelijk goed. Wendy is serieus bezig met haar taken: ze kookt, wist, stopt en vertelt natuurlijk sprookjes.
Piraten laten de jongens niet alleen. Kapitein Hook - zijn naam is sinds Peter zijn hand afsneed, in plaats van dat hij de ijzeren haak moest repareren - Peter kan dit niet vergeven, vooral omdat de krokodil zijn hand zozeer inslikte dat hij het zo lekker vond dat hij op Hook jaagt Het is goed dat je het kunt horen door het tikken van het polshorloge van de kapitein, dat niet ophield met lopen in de krokodillenbuik. De kapitein komt op het idee om de vergiftigde cake voor de jongens te laten sterven, maar hij slaagt er op deze manier niet in iets te bereiken - Wendy staat niet toe dat ze snoep eten en de cake blijft veilig in de wei totdat de kapitein erover struikelt in het donker en op de grond valt. Op een dag willen de piraten de Indiase prinses Tiger Lily vastbinden aan een rots in de lagune om deze te overspoelen met een vloed. Peter Pan weet de piraten te misleiden door ze te bevolen (door de stem van Captain Hook) haar vrij te laten. Dan moet Peter vechten met Hook en hij verwondt hem. Peter redt de vogel.
Op een avond vertelt Wendy de jongens hun favoriete sprookje - over hoe een heer en een dame leefden, waar op een dag de kinderen naar Netinebud Island vlogen. En hoe ze het raam altijd open hielden zodat de kinderen naar huis konden vliegen.
Peter maakt bezwaar tegen Wendy: hij had ook eerder aan zulke moeders gedacht, dus hij had geen haast om terug te keren. En toen hij aankwam, was het raam gesloten en sliep een andere jongen in zijn bed.
Dan realiseren John en Michael, de gebroeders Wendy, zich dat ze zich naar huis moeten haasten.Wendy belt ook met de rest van de jongens, ervan overtuigd dat haar ouders ze zeker zullen adopteren. Iedereen is het erover eens, behalve Peter Pan, die niet groot wil worden. Peter vraagt de indianen om Wendy en de jongens te zien, maar de piraten grijpen weer in. Ze slagen erin de Indianen op oneerlijke manieren te verslaan en Wendy en de jongens te vangen. Peter leert hiervan van Tinker Bell en snelt te hulp. Er is een beslissende strijd tussen Peter Pan en Captain Hook. De piraten zijn verslagen. De jongens en Wendy vliegen naar huis.
Ondertussen blijven mevrouw en meneer Darling in Londen wachten op de kinderen en sluiten ze de kinderkamer nooit. En meneer Darling kan het zichzelf niet vergeven dat hij Nanu die vreselijke avond niet het huis uit heeft geschopt en haar aan een ketting heeft gezet. Daarom zwoer hij totdat de kinderen terugkeerden om in een hondenhok te gaan wonen, hij werd erin meegenomen om te werken en werd van zijn werk naar huis gebracht. Mevrouw Darling gaat achter de piano zitten en begint te spelen. Op dit moment arriveren Peter en Tinker Bell. Ze sluiten het raam zodat Wendy besluit dat moeder niet langer op haar wacht en niet van haar houdt, en met Peter naar het eiland zou terugkeren. Maar er is veel verdriet in het geluid van muziek en Peter opent het raam weer. Wendy, John en Michael vliegen door het raam en klimmen in hun bed. Moeder ontdekt ze, roept haar vader en Nan rent ook de kamer in. Iedereen is blij. En de jongens wachten beneden, terwijl Wendy hun ouders over hen vertelt. Nadat ze tot vijfduizend hebben geteld, komen ze het huis binnen en gaan in de rij staan voor mevrouw Darling. Natuurlijk besloten zowel mevrouw als meneer Darling ze te adopteren! Peter vliegt weer naar het eiland. Hij belooft Wendy volgend jaar te vliegen, maar vergeet het.En als Peter weer verschijnt, is Wendy al getrouwd en heeft ze een dochtertje Jane.
Peter merkt de veranderingen niet op en belt Wendy met hem, maar ze weigert met een zucht, omdat ze al volwassen is. Wendy verlaat de kamer om te kalmeren en Peter Pan gaat op de grond zitten en huilt. Jane wordt wakker van zijn snikken.
En alles herhaalt zich weer.
Als Jane opgroeit, wordt haar dochter Margaret geboren, en nu vliegt Margaret met Peter Pan naar Netinebud Island ... En dit zal doorgaan totdat de kinderen ophouden zo vrolijk, onbegrijpelijk en harteloos te zijn.